En su primer periodo, la Instancia estuvo integrada por 16 mujeres (8 principales y 8 suplentes) seleccionadas mediante un proceso amplio y participativo que incluyó asambleas territoriales y convocatorias nacionales. Estas mujeres representaron diversas regiones, sectores sociales, étnicos y poblaciones LGBTI.
Sin embargo, este proceso no incluyó a mujeres Afrocolombianas, Negras, Raizales y Palenqueras, quienes manifestaron públicamente su rechazo y exigieron representación plena para una paz verdaderamente incluyente. Como resultado de estas demandas, en el segundo periodo (2022–2025) se garantizó la inclusión de una dupla específica para representar a las mujeres Negras, Afrodescendientes, Palenqueras y Raizales, fortaleciendo así la representatividad y el enfoque interseccional de la Instancia.