La Instancia Especial de Mujeres para el Enfoque de Género en la Paz fue concebida en 2016 como parte del Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto y la Construcción de una Paz Estable y Duradera, firmado entre el Gobierno de Colombia y las FARC-EP. Este fue el primer proceso de paz en el mundo que incorporó de forma transversal un enfoque de género, reconociendo el liderazgo de las mujeres como elemento esencial para el éxito de la construcción de paz.

En el Punto 6 del Acuerdo Final, referido a los mecanismos de implementación y verificación, se dispuso la creación de la Instancia Especial de Mujeres como un órgano autónomo, consultivo y técnico-político, con el mandato de garantizar la incorporación efectiva del enfoque de género y la protección integral de los derechos de las mujeres en todas las medidas pactadas. Su formalización se materializó a través del Decreto 1995 de 2016, que le otorgó interlocución directa con la Comisión de Seguimiento, Impulso y Verificación a la Implementación (CSIVI), asegurando así un canal institucional de alto nivel para incidir en las decisiones estratégicas y operativas del proceso de implementación.

Este mecanismo tuvo como antecedente la creación, en 2014, de la Subcomisión de Género durante las negociaciones en La Habana, espacio histórico que permitió a organizaciones de mujeres y población LGBTI participar activamente en la inclusión de medidas concretas de protección, participación y reparación dentro del texto final del Acuerdo.